Im Jahr 2005 haben Bund und Länder den Pakt für Forschung und Innovation (PFI) geschlossen. Er ist ein wichtiges Instrument zur innovativen Gestaltung des Wissenschaftssystems. Dabei fördert der PFI die Deutsche Forschungsgemeinschaft e. V. (DFG) und die vier großen Organisationen der außeruniversitären Forschung Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e. V., Hermann von Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Forschungszentren e. V., Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e. V. und Leibniz-Gemeinschaft. Diese verpflichten sich auf forschungspolitische Ziele, deren Umsetzung sie selbst ausgestalten. Dafür erhalten die Wissenschaftsorganisationen finanzielle Planungssicherheit durch regelmäßige Budgetzuwächse. In jährlichen Monitoringberichten bilanzieren sie ihre Leistungen im Rahmen des Pakts.
Im Jahr 2008 wurde von der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz die Fortsetzung des Paktes bis 2015, und zuletzt im Oktober 2014 die Fortschreibung als Pakt III von 2016 bis 2020 vereinbart. Die dritte Paktperiode garantiert den Wissenschaftsorganisationen einen jährlichen Aufwuchs der Zuwendung um 3 Prozent, der allein vom Bund finanziert wird. Ein wichtiges Anliegen bei Abschluss und Fortschreibung des Paktes war es, schneller und flexibler auf forschungspolitische Herausforderungen reagieren zu können. Neben der internationalen Zusammenarbeit bei der Bewältigung der großen globalen Herausforderungen sollten dabei nach Ansicht der Anfragenden der Schutz der Wissenschaftsfreiheit und die positive Rolle der Wissenschaft als internationale Dialogplattform der Zivilgesellschaften verstärkt in den Blick genommen werden.